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進(jìn)化上相關(guān)，功能可能不同的一類蛋白質(zhì)。
在一個(gè)比對算法中，對于不相同的字符被比對時(shí)所賦予的罰分。
基因樹，表示一組基因或一組DNA順序進(jìn)化關(guān)系的系統(tǒng)發(fā)生樹。
對數(shù)據(jù)庫中原始的DNA堿基序列添加相關(guān)信息（比如編碼的基因，氨基酸序列等）或其他的注解。
原核生物調(diào)控蛋白結(jié)合的與基因啟動(dòng)子相關(guān)的一段核苷酸序列。
由位點(diǎn)產(chǎn)生的突變數(shù)目把其中的一課樹與其他樹區(qū)分開的位點(diǎn)。
